Yang membereskan pemberontakan PRRI adalah Nasution, Sementara komando lapangan dipegang Kolonel Ahmad Yani, saat itu Yani yang baru saja pulang dari pendidikan militer di Amerika Serikat menjadi Asisten Logistik TNI AD, kemudian oleh Nasution diangkat jadi Komandan Perang penyerbuan ke Padang untuk membereskan PRRI.
Operasi militer dinamakan, operasi militer 17 Agustus, gerakan Yani dibagi menjadi dua, gerakan pendaratan lewat udara yang dipimpin oleh Kapten Ali Moertopo dan Kapten Yoga Sugama dengan mengandalkan pasukan ranger yang bentukan Yani di Semarang dan pendaratan amfibi dengan menggunakan rakit oleh pasukan KKO dipimpin oleh Letkol KKO Ali Sadikin, pendaratan itu merupakan sebuah metode langsung yang diterapkan KKO dalam operasi pendaratan tempur sebagai pasukan pemukul.
Gerakan ini berhasil dalam waktu cepat, hanya dalam hitungan jam Kota Padang dikuasai.Pendaratan Pasukan KKO yang efektif ternyata membuat Kolonel Ahmad Yani kagum, lalu Yani mengusulkan pada Nasution agar peran KKO ditingkatkan, karena kelak Indonesia akan menghadapi soal-soal integrasi wilayah yang lebih berat. Pada tahun 1959, Nasution mengusulkan pada Bung Karno agar KKO bisa ditingkatkan perannya sebagai pasukan pemukul yang membuka serangan. Bung Karno mendengarkan apa nasihat Nasution, lalu pada tahun 1960, KKO dibenahi lagi sistemnya dan di tahun itu juga bisa dikatakan Pasukan KKO atau Pasukan Marinir Indonesia adalah yang terkuat di Asia, puncak kekuatan KKO adalah saat konflik dengan Malaysia dimana peran KKO cukup dominan.
